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Dimitri, sous le nom de Vasili, a été élevé dans un monastère qu'il a quitté pour suivre Vanda ; cette femme voulait en faire l'instrument de son ambition. Mais Dimitri a conçu une passion sincère pour Marina, fiancée au comte de Lysberg. Il a tué le comte en duel et, plongé dans un cachot, il en a été tiré par Vanda. Le comte de Lusace révèle au prieur du monastère que ce jeune Vasili dont il lui a confié l'éducation n'est autre que Dimitri, le fils du tzar Ivan ; que Boris a usurpé le trône et règne dans Moscou, que le moment est venu de le renverser et de rendre la couronne à l'héritier légitime. Dimitri fait connaître ce secret à Marina et lui demande de se rendre au château de Viksa, où la tzarine Marpha, veuve d'Ivan IV, pleure son fils qu'elle croit mort et est captive de Boris. Le comte de Lusace les surprend au moment où ils échangent leurs serments d'amour.
Au deuxième acte, le comte annonce à Vanda que Dimitri va être reconnu Roi et qu'il faut qu'elle obtienne sa foi pour monter avec lui sur le trône. Resté seul avec le jeune prince, il l'exhorte à abandonner Marina et fait tous ses efforts pour faire dominer dans son âme la passion du pouvoir et l'ambition. Le roi de Pologne, arbitre alors des destinées de la Russie, se déclare le protecteur des droits de Dimitri contre l'usurpateur Boris, et lui conseille d'épouser Vanda.
Au troisième acte, Marina est auprès de la tzarine Marpha, lui apprend que son fils vit encore. Job, arcehvêque de Moscou et ami de Boris, vient dire à Marpha qu'un aventurier prétend être son fils et qu'elle doit le désavouer... Au quatrième acte, on célèbre l'avénement de Dimitri. On apprend l'histoire réelle. Vasili n'est autre que le tzar lui-même et doit épouser Vanda. A ce récit, Dimitri frappe le comte de son poignard. Vanda arrive, se jette sur son père qui respire encore. Marpha entre et voit emporter le corps de celui qui a tué son fils. Dans l'acte cinquième, Vanda, le cœur dévoré par la jalousie, profère des menaces contre les deux amants qui semblent confiants dans leur fortune heureuse. Lusace paraît sur les marches de l'église ; il n'est pas mort de sa blessure. Il fait répandre dans le peuple le bruit de l'usurpation du trône par un faux Démétrius, le fils d'un esclave, un moine apostat, et, lorsque le couronnement du tzar va avoir lieu, l'archevêque Job arrête Dimitri, lui fait connaître les doutes dont sa naissance est l'objet dans le peuple et demande à Marpha de jurer sur l'Evangile et sur la croix que le tzar est bien son fils. Elle hésite... Lusace, armé d'une arquebuse paraît au balcon du Kremlin. Vanda lui indique du doigt Dimitri. Marpha l'aperçoit, s'élance vers l'église pour jurer ; le coup part, Dimitri tombe et, en expirant, s'écrie Marina ! ma mère, hélas ! la vérité, mon Dieu, toi seul me le diras !